Dalam melaksanakan tupoksinya, BBPOPT memiliki sarana dan prasarana untuk menunjang berbagai kegiatan, salah satunya adalah Laboratorium Molekuler. Laboratorium Molekuler BBPOPT memiliki fungsi melakukan uji deteksi patogen (bakteri, virus, cendawan) pada tanaman,  identifikasi OPT dan atau agens hayati secara genetika (sidik DNA) dengan teknik PCR. PCR merupakan salah satu metode penggandaan molekul DNA secara invitro. Dewasa ini teknik PCR khususnya di bidang pertanian berkembang pesat. Teknik PCR dapat digunakan untuk mengetahui dan mendeteksi patogen pada tanaman, deteksi ada atau tidaknya gen ketahanan terhadap suatu penyakit, mendeteksi galur murni, identifikasi mikroorganisme, identifikasi penyakit baik yang disebabkan oleh virus, jamur, maupun bakteri, dan lain sebagainya.

Salah satu kelebihan deteksi/identifikasi teknik PCR adalah waktu yang dibutuhkan lebih cepat dan hasil lebih akurat. Untuk itu, keberadaan laboratorium PCR dapat membantu petugas/petani untuk mendeteksi keberadaan patogen tumbuhan dan mengidentifikasi OPT secara akurat sehingga dapat segera dilakukan tindakan preventif maupun pengendalian. Saat ini, Laboratorium Molekuler BBPOPT melayani pengujian deteksi virus patogen pada tanaman pangan dan hortikultura (kerdil rumput, kerdil hampa, tungro, Begomovirus), bakteri dan cendawan patogen tumbuhan (Xanthomonas oryzae pv. oryzae, Burkholderia glumae, Erwinia crhysanthemi, Sarocladium oryzae), identifikasi bakteri agens hayati (Paenibacillus polymyxa, Pseudomonas fluorescens, dan Bacillus subtilis.  

Gambar 1. Proses Pengujian Deteksi Virus dengan Teknik RT-PCR pada Tanaman kedelai

Dalam rangka meningkatkan pelayanan pengujian, Laboratorium Molekuler melakukan penambahan pengujian deteksi Soybean mosaic virus (SMV) pada tanaman kedelai dengan teknik RT-PCR. Hal ini diharapkan dapat memberikan jawaban kepada petani/petugas/stakeholder yang membutuhkan informasi mengenai virus yang menginfeksi  tanaman kedelai di lapangan.

Soybean mosaic virus ( SMV) merupakan salah satu virus tular benih pada tanaman kedelai yang berpotensi menurunkan produksi. Gejala yang ditimbulkan berupa mosaik ringan; mosaik dengan daun keriting dan kerdil; mosaik dengan tonjolan pada helai daun berwarna hijau tua, keriting, mosaik kuning, dan kerdil (Sulandari et al. 2014). SMV ditularkan oleh serangga vektor Aphis glycine dan A. cracivora  secara non persisten (Gambar 1). Deteksi Soybean mosaic virus (SMV) dengan teknik RT-PCR diawali dengan isolasi RNA total tanaman dilanjutkan dengan proses reverse transcription dengan enzim reverse transcriptase kemudian amplifikasi cDNA secara invitro  dengan primer spesifik. Setelah itu, dilakukan elektroforesis, visualisasi, dan pembacaan hasil pengujian.

Teknik RT-PCR merupakan salah satu teknik untuk mendeteksi virus patogen pada tanaman dengan cepat dan akurat. Teknik ini dapat mendeteksi Soybean mosaic virus baik pada benih maupun pada tanaman. Untuk itu, dapat segera disusun rekomendasi baik tindakan pre emptif maupun pengendaliannya.

Ani Widarti S.Si., M.Si. (POPT Ahli Pertama)